Школа была открыта в 1860 г при Покровской церкви. В ней обучалось 10 мальчиков и 10 девочек.
В учебный курс входили: закон божий, чтение по книгам, первые четыре действия арифметики, церковное пение. Изучение курса продолжалось до 2-х лет.
С 1890 года церковно-приходская школа перешла на 3-х годичный срок обучения. Сначала школа была смешанная. В 1896 г. была открыта мужская школа, а в 1900 г. - женская. Заведующим школой был местный, приходской священник, он же преподавал и Закон Божий.
Кроме занятий по общеобразовательным предметам. Девочек обучали рукоделию. В Пакшеньгской школе уроки рукоделия проводились 3 раза в неделю.
В 1904 - 1905 г. школа была переименована в Пакшеньгское земское училище. В нём проводились чтение с «Волшебным фонарём. Беседы, сопровождаемые картинками, на темы: «Майская ночь», «Песня про купца Калашникова» и др. Беседы проводились вплоть до 1910 года.
До 1937 года в Пакшеньге была начальная школа с 4-летним сроком обучения. После 4-го класса уч-ся учились или в Судроме, или в г.Вельске.
Только в 1937-1938 учебном году на территории Пакшеньгского сельского совета была открыта неполная средняя школа.
После окончания 7-ми классов ученики поступали в г.Вельск – в медшколу, в педучилище, в сельхозтехникум или в лесхимшколу и маслопром.
Большинство выпускников шли учиться в медицинское училище или в педагогический техникум.
Первым директором семилетней школы стал Макаров Иван Васильевич, который ушёл на фронт в первые дни Великой Отечественной войны. Иван Васильевич погиб.
На посту директора его заменила учительница математики Прибыткова А.Ф.
С 1961 г. Пакшеньгская школа стала восьмилетней и размещалась в пяти зданиях.
В 1966 году построили новую школу, 2 октября состоялось ее открытие. Много забот и труда в это дело вложил бессменный директор школы – Прилучный Александр Михайлович, который работал с 1956 года по 1986 год.
Вместе с ним в коллективе по нескольку десятков лет трудились местные учителя: Горбунова Зоя Николаевна (отличник народного образования),Творилова Александра Александровна, Лодыгина Наталия Васильевна, Шаманин Василий Николаевич, Горбунова Лидия Павловна, Шаманина Нина Андреевна, Смирнова Александра Ивановна, Горбунова Евгения Владимировна.
В настоящее время в школе обучается 59 учащихся.
